El Órgano Interno de Control, representa a la Secretaría de la Función Pública, con la finalidad de prevenir, detectar, sancionar y erradicar las prácticas corruptas en el Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada, Baja California (CICESE). Asi mismo, promueve la transparencia y el apego a la legalidad de los servidores públicos, mediante la realización de auditorías y revisiones a los diferentes procesos de la Institución, así como también poseen la autoridad para atender, tramitar y resolver las quejas o denuncias presentadas por la ciudadanía contra presuntas irregularidades administrativas cometidas por los servidores públicos, imponiendo las sanciones establecidas en la Ley.